機構から排出される排水は、最終的に３カ所の汚水排水槽に集められて公共下水道に排出されます。 公共下水道に排出される排水は定期的に水質検査を行い、条例で定められる排出基準を満たしているかどうかを確認します。毎月１回、定められた項目の分析を行っています。また、当機構は広い敷地内に多数の実験施設が分散しているため、主要な建物ごとに監視地点を設けて排水の検査を行うことで、きめ細かい排水監視を行っています。これらの自主監視地点における水質検査はこれまでに蓄積されたデータを参考にして、検査項目、頻度を考慮して定めています。
労働安全衛生法および関連法令に定める有機溶剤および特定化学物質を取扱う作業場および作業者に対して、作業環境測定、発散源を密閉する設備、排気装置の設置、局所排気装置などの定期自主検査、特別の健康診断などの対応が義務づけられます。環境安全管理室では、作業環境測定に関するサポートを行っています。
無機系の廃水は、実験廃液処理施設において有害化学物質を除去した後、公共下水道に排出されます。
有機溶媒、廃油類、写真廃液などは焼却処理によるダイオキシン問題等から自前処理を行わず、産業廃棄物処理業者に処理を委託しています。
機構内の化学実験室等に設置されている貯留槽に排出される洗浄廃水は、管理責任者の依頼により、実験廃液処理施設において有害化学物質を除去した後、公共下水道に排出されます。
有害固形廃棄物は、産業廃棄物処理業者に処理を委託しています。
環境安全管理室では、化学薬品等の取り扱い（入手、保管、使用、廃棄）における安全衛生管理業務を担っています。特に毒物・劇物に関しては薬品容器毎に保管場所や所有者等の情報を記録した、専用のバーコードラベルを発行し、保管状況を管理しています。
