2004年度の機構の法人化に伴い、これまでの人事院規則に代わり労働安全衛生法が適用となりました。
化学物質等の取り扱いに関し厳格な管理が求められるようになり、特に、有機溶剤（アセトンやアルコール類など）や特定化学物質（フッ化水素酸など）を取り扱う屋内作業場においては、 有資格者（作業環境測定士）による空気中の化学物質濃度の測定、排気設備の設置および定期検査、作業者に対する健康診断など多くの事項が義務づけられました。
労働安全衛生法だけでなく、毒物及び劇物取締法、消防法、PRTR（環境汚染物質排出移動登録）制度などに十分な対応をするためには、 機構内における化学物質の入手・保管・使用・廃棄などの情報を集中して管理する必要があります。
そこで、従来、放射線科学センター環境計測部門が行っていた排水管理、廃液処理、化学薬品管理等の化学安全管理業務に、作業環境管理、環境安全管理に関する業務を加え、機構全体の化学物質に関わる総合的な安全管理を行う実務組織として、2004年4月、放射線科学センター長の下に「環境安全管理室」が設置されました。
2005年には環境配慮促進法（環境情報の提供の促進等による特定事業者等の環境に配慮した事業活動の促進に関する法律）の施行により、本機構においても環境報告書の作成が義務付けられ、より一層の環境管理が求められるようになりました。
その後、2007年4月に「環境安全管理室」は機構長の下に置かれる室として位置付けられ、安全・衛生管理を担う安全衛生推進室と連携をとりながら機構全体の安全に取り組んでいます。
